كما أمر بمخاطبة الانتربول الدولى بسرعة ضبط وإحضار كل من سامى شهاب القيادة بحزب الله البلنانى وأيمن نوفل القيادى بحركة حماس و3 آخرين وسرعة تسليمهم إلى جهات التحقيق.
وجه قاضى التحقيق اتهامات لمرسى بالتخابر مع منظامات أجنبية تتمثل فى حزب الله اللبنانى وحركة حماس الفلسطينية وجيش الإسلام الفلسطينى والحركات الجهادة والتكفيرية بشبه جزيرة سيناء من أجل إشاعة الفوضى فى البلاد وأتلف عمدا عن طريق الاتفاق والاشتراك والمساعدة منشاآت عامة تتمثل في سجن وادي النطرون، والإشترك عمدا عن طريق الاتفاق والاشتراك والمساعدة فى تهريب 11161 سجيناً من العناصر الخطرة والمسجلين بهدف إشاعة الفوضى فى البلاد.
وأكد المستشار سمير حسن ، أن سيارة خاصة اصطحبته من مقر محكمة استئناف القاهرة وبرفقته سكرتير التحقيق إلى إحدى المطارات العسكرية بالقاهرة ليستقل طائرة إلى مقر احتجاز الرئيس المعزول محمد مرسى ليبدأ معه جلسة التحقيقات التى استمرت معه 4 ساعات وواجهه خلالها بالاتهامات الموجهة إليه بالتخابر مع حزب الله اللبنانى وحركة حماس الفلسطينية وجيش الإسلام الفلسطينى والحركات الجهادية والتكفيرية بشبه جزيرة سيناء .
وأكد قاضى التحقيق أن الحالة النفسية للرئيس المعزول كانت سيئة للغاية ، وكان واضحاً عليه أنه مصاب بالاكتئاب ونفى جميع الاتهامات الموجهة ضده وأكد فى أكثر من مرة خلال التحقيقات وأن هناك مؤامرة أحيكت ضده من أجل الخلاص منه وإنهاء حكمه.
وواجهه قاضى التحقيق ، المتهم محمد مرسي بأقوال 26 شاهدا لقطاع الأمن الوطنى ومصلحة السجون ، وعرض عليه 30 إسطوانة مدمجة تبين علميات اقتحام السجون التى بدأت بليمان 430 ثم ليمان 440 والذي كانا محتجزا بهما المحكوم عليهم بالإعدام من بدو سيناء وعناصر جهادية وتكفيرية ، بالإضافة إلى المحكوم عليهم بعقوبات سالبة للحرية من جيش الإسلام الفلسطينى وحركة حماس الفلسطينة وحزب الله اللبنانى.
ثم تبعه عملية اقتحام منظمة لسجن 2 المركزى الواقع بالكيلو 97 طريق مصر إسكندرية الصحراوى وتخلل ذلك إكراه المساجين الجنائيين والعناصر الخطرة على مغادرة السجن جبرا لإشاعة الفوضى فى البلاد وقتل 14 سجينا رفضوا المثول لأوامرهم.
كما واجهه قاضى التحقيق بالمخطط الذى أوضح تسلل 30 فردا من حركة حماس الفلسسطينة و40 من حزب الله اللبنانى ليلة 25 يناير عبر الأنفاق إلى سيناء عن طريق إطلاق نار كثيف على الحدود لتمويه علميه تسللهم وقيام عناصر من بدو سيناء بنقلهم مباشرة إلى مدينة السادات وقيام قيادات الإخوان بتوفير أماكن خاصة بإقامتهم لتنفيذ عملية الإقتحام فجر يوم 30 يناير، واقتحامهم السجون.
كما واجهه قاضى التحقيق بالتسجيلات الخاصة لقيادات جماعة الإخوان المسلمين وعناصر حركة حماس والتى رصدتها المخابرات العامة المصرية والتى تم من خلالها التخطيط لاقتحام السجون لتحريرهم ونفى مرسى علمه بهذه الاتصالات وقال إنه كان محبوساً فى هذا الوقت ولا يعلم أى شئ عنها.